Saamelaisten totuus- ja sovintokomissio on toiminnassaan itsenäinen ja riippumaton. Siihen kuuluu viisi komissaaria, joista kaksi on asetettu valtioneuvoston esityksestä, kaksi Saamelaiskäräjien esityksestä ja yksi Kolttien kyläkokouksen esityksestä.